Tùy thuộc vào độ gần so với đất liền, các rạn san hô được phân loại như sau:
Fringing reefs (rạn viền bờ) phát triển gần bờ biển quanh các đảo và lục địa. Chúng được ngăn cách với bờ biển bởi những đầm phá nông và hẹp. Rạn san hô viền là loại rạn san hô phổ biến nhất.
 |
| Những rạn san hô gần bờ thường gặp |
Barrier reefs (rạn chắn) song song với đường bờ biển nhưng bị ngăn cách bởi các đầm phá sâu hơn, rộng hơn. Tại những điểm nông nhất, chúng có thể chạm tới mặt nước tạo thành một “hàng rào”.
 |
| Great Barrier Reef - Australia |
Atolls (đảo san hô) là các vòng san hô tạo ra các đầm phá được bảo bọc và thường nằm ở giữa biển. Các đảo san hô vòng thường hình thành khi các đảo được bao quanh bởi các rạn san hô chìm xuống biển hoặc mực nước biển dâng lên xung quanh chúng.
 |
| Lighthouse Reef Atoll |
Patch reefs (những rạn san hô nhỏ), biệt lập hình thành từ nền đầm phá hoặc thềm lục địa. Chúng thường xuất hiện giữa các rạn san hô viền và các rạn san hô chắn. Chúng có nhiều kích thước và hiếm khi nổi lên mặt nước.